燃油滤清器的作用是过滤发动机燃烧所需要的燃料(汽油、柴油)，阻止燃料中带来的异物，如尘土、金属粉等有害颗粒和水份进入发动机，以保护油泵油嘴、缸套、活塞环等，减少磨损，避免堵塞。

即使柴油在加入柴油机油箱前经过了沉淀和过滤，是清洁的，但是在加油过程中，由于加油工具、加油环境、油箱口不清洁等因素仍会使柴油污染，而且在柴油机运转过程中，由于燃油系统中沉积的杂质、空气中悬浮的尘埃，也会使柴油污染，因此车上的柴油滤清器是必不可少的，何况柴油在加入油箱前并不一定是真正清洁的。燃油滤清器有柴油滤清器、汽油滤清器和天然气滤清器三类。

汽油滤清器有化油器式和电喷式之分，使用化油器的汽油发动机，汽油滤清器位于输油泵进口一侧，工作压力较小，一般采用尼龙外壳，电喷式发动机的汽油滤清器位于输油泵的出口一侧，工作压力较高，通常采用金属外壳。

汽油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有使用尼龙布、高分子材料的。

柴油滤清器的结构大致与机油滤清器相同，有可换式和旋装式两种。其承受的工作压力和耐油温要求较机油滤清器低得多，而其过滤效率的要求却比机油滤清器高得多。柴油滤清器的滤芯多采用滤纸，也有采用毛毡或高分子材料的。

柴油滤清器除过滤柴油中的机械杂质外，还有一个重要的功能就是滤水。水的存在对于柴油机供油系统危害极大，会导致锈蚀、磨损、损伤汽缸活塞环甚至会产生拉缸现象，还能够恶化柴油的燃烧过程。

柴油滤清系统根据水和燃油密度的不同，通过流体流向控制技术(重力沉降原理)，对水分进行分离达到过滤水分的效果。柴油滤清系统的除水方式在机械燃油系统主要是沉淀，柴油沉淀器内部还有扩散锥，滤网等分离元件。

国三以上排放要求的，柴油发动机多采用高压共轨燃油系统，除水方式多采用滤纸。

油水分离器还有别的功能，如对燃油进行预加热防止结蜡，过滤杂质等。

柴油滤清器的工作原理：柴油滤清器的工作原理与机油滤清器差不多，不同的是柴油滤清器是没有旁通阀和止回阀的。汽车用柴油滤清器具有油水分离功能，主要的作用就是除去柴油中的水分，以降低喷油嘴故障，延长发动机的使用寿命。